QPCR and Nanostring Data Relevant to Ectoderm Network

Perturbation Ct:[Ub-C]-[Ub-Exp]

March 01, 2010

Ub, ubiquitin mRNA control used for internal standardization; CT, cycle no. at threshold; C, control embryo sample; Exp, sample from perturbed embryos. The quantity of transcript at any point in the reaction is I(1.94CT), where I is the initial amount in the reaction mixture. A positive number means the number of transcripts is increased by the perturbation; a negative number means the number of transcripts is decreased. Data are listed that are considered significant where significant means more than three-fold increase or decrease from control transcript levels (normalized CT difference from control is <-1.6 or >+1.6). Smaller effects are shown as "NS", except where individual NS data are included together with other significant measurements to display scatter or inconsistencies amongst different batches of cDNA. Commas separate replicate measurements in the same cDNA batch; slashes indicate different batches of cDNA from independent experiments.

NOTE: Nanostring results are mixed with QPCR results in the table. Nanostring values, noted in the table with (*), were converted from fold change to DeltaCt for direct comparison with QPCR results.

Abbreviations
MASO: Morpholino-substituted antisense oligo nucleotide
MOE: Messenger RNA overexpression
EN: Engrailed repressor domain

Gene

Perturbation

8-8 h

12-12 h

17-21 h

24-27 h

28-30 h

30-36 h

48-48 h

Data of:

arnt

Gsc MASO




NS/-1.97




E. Li

Hox7 MASO




-2.27/NS/

-1.81




E. Li

atbf1

Bra MASO




NS/-2.0*/NS*

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-2.2/NS*




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-3.8/

-2.8*




Y.H. Su

Sip1 MASO



NS/NS*/NS*

-2.2/-1.7*/

NS*/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

NK1 MASO




NS/NS/NS*,

-2.0

NS*,NS/NS



Y.H. Su

Dri MASO




NS*,-2.6/NS/

-1.6

-1.8*,-3.2/

-2.9/-1.7



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/NS/NS

-2.4/-1.8*/NS




Y.H. Su

Hnf6 MASO




-1.7*,-2.3/

-1.9/NS

NS/NS*,NS/

-2.0



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

-2.4/-1.8/NS*/

-2.36/-2.5/

-1.78/NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+2.7*/NS*/NS

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

HesC MASO



-2.0/NS*/

-1.7*

-1.9*/NS*/

-4.1




Y.H. Su

Hox7 MASO




-2.34/-2.6/

-1.98




E. Li

bmp2/4

Nodal MASO



-2.5/-3.6/-2.5/

-1.9

-2.0/NS/-2.5/

-2.5




J. Nam &

Y.H. Su

Lim1 MASO



NS/NS/NS/

NS*

NS*/-1.9/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-3.1/NS*/

-4.31/-2.57/

-3.15




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-2.5/NS*




Y.H. Su

Hnf6 MASO




-2.3*,-3.2/

-1.9/NS/-2.15

NS/NS*,-2.0/

-2.2



Y.H. Su &

E. Li

BMP2/4 MASO



NS/NS/NS*

NS*/+1.9/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



NS/NS*/NS

NS/-2.8/NS*/

NS/NS/-2.76/

NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-2.6*/NS*/NS

NS*/-2.2/NS*/

-1.98/NS




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



-2.1/NS*/NS*

NS*/NS*/-3.3




Y.H. Su

Lefty MASO



+2.3*/+3.0/NS

+1.8/+1.8/NS*/

+1.62




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-2.12




E. Li

Hox7 MASO




-2.1/NS/-1.64




E. Li

bra

Tbx2/3 MASO



-2.0/-2.2*/

-2.0*

NS*/-2.2/

-2.2*




Y.H. Su

Chordin MASO



NS/-1.6/NS*

NS/NS*/NS




Y.H. Su

Sip1 MASO



-3.0/-2.0*/

-2.5*

-1.9/-2.2*/

-3.0*/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




-2.4*,-2.3/NS/

-1.6

-1.9/NS*,NS/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



-2.0/NS*/-1.7

-1.7/-3.9/NS*/

-1.68/NS/

-3.94/NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



NS*/-1.9*/

-2.5

NS*/-3.4/

-2.7*




Y.H. Su

HesC MASO



-3.2/NS*/NS*

NS*/NS*/-3.3




Y.H. Su

Hox7 MASO




-2.89/NS/NS




E. Li

chordin

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-2.6/NS*




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-1.7/NS*




Y.H. Su

Sip1 MASO



-1.6/-1.7*/

-1.6*

NS/NS*/-2.0*




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-1.7*,

-1.7/-2.86

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

Nodal MASO



-7.2/-5.5/-6.1

-3.8/-7.2/-5.0




Y.H. Su

Dri MASO




-1.9*,-2.0/NS/

-2.0

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/NS/NS

-2.4/NS*/-2.8




Y.H. Su

Hnf6 MASO




-4.4*,-5.0/

-2.5/-3.0/-4.39

-3.8/-2.6*,

-3.1/-2.2



Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-2.2*/NS*/+1.6

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-2.0




Y.H. Su

Lefty MASO



+2.3*/+2.1/+1.6

+2.0/+2.0/+2.2*/

+2.1




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-2.61




E. Li

Hox7 MASO




-2.16/NS




E. Li

dlx

Nodal MASO

NS

NS

-3.7/-3.6/-3.6/

-3.6

NS/NS/NS/

NS/-2.5

NS



J. Nam &

Y.H. Su

Nodal MOE

NS

NS

-2.1

NS

NS



J. Nam

Lim1 MASO



NS/-2.4/-1.8/

NS*

NS*/NS/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Bra MASO




NS/-1.6*/NS*

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

Dlx MASO



NS*/-4.7/NS*

NS/-1.6*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



-3.9/NS*/NS*

-2.7*/-7.2/

-4.1*/-6.24/-1.69/

-3.4/-1.62/-7.61




Y.H. Su &

E. Li

Chordin MASO



NS/NS/-2.2*

NS/NS*/NS/

NS




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/-3.9/

-1.8*

NS*/-3.6/

-2.2*




Y.H. Su

SoxC MASO



NS*/-4.7/NS

NS/NS/-1.7*/

NS

NS



Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



-3.4/-1.6*/

NS*

-1.8/NS*/

-1.8*/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

FoxJ1 MASO



NS/NS*/NS

-1.7/-1.7*/NS




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-3.6*,

-4.4/-7.23/-3.88/

-3.2

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

Dri MASO




-2.8*,-5.5/

-2.3/-2.0

NS*,-3.2/-2.8/

-2.2



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/-3.0/NS

-4.1/NS*/-5.0/

-6.34/-1.65




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




-3.8*,-5.5/

-3.6/-4.1/-4.12

-2.1/-1.6*,

-1.8/-2.5



Y.H. Su &

E. Li

BMP2/4 MASO



NS/NS/-3.0*

-2.4*/-1.9/

-2.5/NS/-3.11




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



-3.9/NS*/-3.8

NS/-3.0/NS*/

NS/NS/-2.96/

-2.8




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+3.9*/NS*/-3.2

-1.8*/-4.7/

-4.3*/-3.33/-1.64/

NS/-1.69/-2.4




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



-5.5/-2.2*/

-2.3*

-2.3*/-2.1*/

-3.4




Y.H. Su

Lefty MASO



NS*/-2.3/NS

-1.9/NS/-2.1*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-2.7




E. Li

Hox7 MASO




-4.02/NS/

-1.88




E. Li

dri

Dri MASO




NS/NS/NS/

NS*,NS*,NS,NS/

NS,NS/NS,

NS

-2.7/-5.0/NS*,

NS*,-2.4,-2.4/NS,

NS/-3.4,-3.4

-4.5/-1.8/-4.5/

-3.0/-2.5/-2.8/

-5.0

-4.5/-3.8

G. Amore &

Y.H. Su

Gsc MASO



NS,NS/NS*,

NS*/NS,NS

NS/NS/NS,

NS/NS,NS/NS*,

NS*/NS/NS/NS/

NS

-2.4/-6.0

-3.8/-4.5


G. Amore,

Y.H. Su &

E. Li

Dri-En





-2.3

-2.5/-2.3/-3.5/

-4.7


G. Amore

Hnf6 MASO2




NS*,NS*,NS,

NS/NS,NS/NS,

NS

-2.8,-2.8/NS*,

NS*,NS,NS/-1.8,

-1.8

+2.7/NS


G. Amore,

O. Otim &

Y.H. Su

Nodal MASO

NS

NS

NS/NS/NS/

NS

-1.6/NS/NS/

NS/NS

-5.4



J. Nam &

Y.H. Su

Bra MASO




NS,NS/NS*,

NS*/NS*,NS*

-2.4,-2.4/NS*,

NS*/NS*,NS*



Y.H. Su

FoxA MASO




NS,NS/NS*,

NS*/NS*,NS*

-2.4,-2.4/NS*,

NS*/-1.6*,-1.9*



Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




NS*,NS*/NS*,

NS*/NS,NS

NS*,NS*/

-2.3*,-1.9*/NS,NS



Y.H. Su

Otxb MASO




NS*,NS*/+1.6*,

NS*/NS,NS

-2.4,-2.4/

-1.7*,-2.1*/NS*,

NS*



Y.H. Su

Hmx MASO



NS*,NS*/NS,

NS/NS*,NS*

-3.2*,NS*/NS,

NS/NS*,NS*




Y.H. Su

FoxG MASO



NS*,NS*/NS,

NS/NS,NS

NS,NS/+2.1*,

+2.4*/+1.9,+1.9




Y.H. Su

HesC MASO



NS,NS/+2.7*,

+2.6*/+2.1*,+1.9*

NS*,+2.6*/+1.7*,

+1.9*/NS,NS




Y.H. Su

Hox7 MASO




NS/+2.33/+1.68




E. Li

e2f3

Bra MASO




NS/-1.6*/NS*

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-1.9/

-1.6*




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-2.1*,

-2.0

NS*,NS/NS



Y.H. Su

Dri MASO




-1.6*,-2.1/NS/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/NS/NS

-2.1/NS*/NS




Y.H. Su

Hnf6 MASO




-1.9*,-2.0/NS/

NS

NS/NS*,NS/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

NS/-2.9/NS*/

NS/-1.78/

-2.86/NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-5.0*/NS*/NS

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

Hox7 MASO




-1.88/NS/NS




E. Li

ets4

FoxG MASO




NS/+1.72




E. Li

Gsc MASO




-1.64/NS




E. Li

Hox7 MASO




-2.23/NS/NS




E. Li

Tbx2/3 MASO




NS/NS/-1.97/

NS/-2.29




E. Li

foxa

Tbx2/3 MASO



-1.6

-3.6




Y.H. Su

Sip1 MASO



-1.9

-2.2




Y.H. Su

Gsc MASO



NS

-3.3/-3.3/

-2.69/-3.12




Y.H. Su &

E. Li

FoxG MASO



NS

-2.4




Y.H. Su

Dlx MASO



NS

-1.7




Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




NS

-3.0



Y.H. Su

Hnf6 MASO




-1.6

NS



Y.H. Su

FoxK MASO



NS

-1.9




Y.H. Su

HesC MASO



-2.9

-4.7




Y.H. Su

Dri MASO




NS

-1.8



Y.H. Su

IrxA MASO



-2.6

-4.1




Y.H. Su

Hox7 MASO




-3.11/-1.86/

-2.74




E. Li

foxB

Hnf6 MASO2






+2.7/NS


G. Amore &

O. Otim

foxG

Nodal MASO

NS

-3.1

NS/NS/-2.5/

-1.9

-2.8/-2.5/-2.6/

-3.6/NS

-3.4



J. Nam &

Y.H. Su

Nodal MOE

+2.8

NS

NS

-1.7

-3.5



J. Nam

Lim1 MASO



NS/-3.2/-1.9/

NS*

-1.8*/-3.6/NS/

-1.8/NS




Y.H. Su &

E. Li

Bra MASO




-1.6/-2.3*/

-2.0*

NS/NS*/-1.8*



Y.H. Su

Dlx MASO



NS*/NS/NS*

-1.9/NS*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



-2.6/NS*/

-2.0*

-3.0*/-3.2/

-2.0*/-5.58/-4.6/

-4.05/-4.72/-7.22




Y.H. Su &

E. Li

Chordin MASO



NS/NS/-1.8*

-2.5/-2.3*/

-1.9/-3.65




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



-2.7*/-2.8/

NS*

-1.7*/-3.9/

-3.0*




Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




NS*/NS*/NS

NS*/-1.6*/NS



Y.H. Su

SoxC MASO



NS*/-1.9/NS

NS/NS/-1.7*/

NS

NS



Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



-2.2/NS*/NS*

-1.8/NS*/

-1.7*/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Otxb MASO




-1.7*/NS*/NS/

-1.65

NS/NS*/NS*



Y.H. Su &

E. Li

FoxJ1 MASO



NS/NS*/NS

NS/-1.6*/-1.7




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-2.0*,

NS/-2.19/-1.76

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

Dri MASO




-3.3*,-3.8/NS/

NS

NS*,-1.9/-1.8/

NS



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/-1.7/-1.8

NS/NS*/-1.9/

-3.82/NS




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




-2.2*,-2.2/NS/

NS/-1.88

-1.6/-1.9*,NS/

-2.9



Y.H. Su &

E. Li

BMP2/4 MASO



NS/NS/NS*

NS*/+1.8/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



NS/NS*/-2.1

-2.0/-3.6/NS*/

-2.04/-1.95/

-3.59/-1.95




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-1.9*/NS*/NS

-2.2*/NS/NS*/

-2.77/-1.87/

NS/-1.6/-2.14




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-1.9




Y.H. Su

Lefty MASO



-3.4*/-1.9/

-1.9

-3.6/-3.2/

-2.7*/-2.78




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-4.54




E. Li

Hox7 MASO




NS/-2.28/

-2.75




E. Li

foxj1

Nodal MOE

-1.8

NS

NS

NS

NS



J. Nam

Tbx2/3 MASO



+2.0/NS*/NS*

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

FoxJ1 MASO



+2.2/+2.5*/+2.8

NS/NS*/NS




Y.H. Su

Dri MASO




NS*,-1.6/NS/

NS

NS*,-1.9/NS/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



+2.1/NS*/NS

NS/NS/NS*/

NS/NS/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



NS*/+1.7*/+2.5

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

HesC MASO



-2.3/NS*/

-1.8*

NS*/NS*/-2.6




Y.H. Su

Hox7 MASO




-2.05/NS/

-1.61




E. Li

foxk

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-1.8/NS*




Y.H. Su

IrxA MASO



-2.1*/NS*/NS

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

Hox7 MASO




-1.75/NS/NS




E. Li

fxr/ecr

Tbx2/3 MASO



+2.6/NS*/NS*

NS*/-3.1/NS*/

-3.39




Y.H. Su &

E. Li

NK2.2 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/+1.7




Y.H. Su

Chordin MASO



NS/NS/-1.9*

NS/NS*/NS




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-2.1/NS*




Y.H. Su

Hnf6 MASO




NS*,-1.6/NS/

NS

NS/NS*,NS/

-1.7



Y.H. Su

BMP2/4 MASO



NS/NS/-2.7*

NS*/+1.6/NS




Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

-2.2/-2.4/NS*/

-2.16/-2.17/

-2.36/-1.69




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+2.4*/NS*/+3.6

NS*/-1.9/NS*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-2.0




Y.H. Su

Lefty MASO



-2.1*/NS/NS

NS/NS/NS*




Y.H. Su

FoxG MASO



NS/NS/NS

-2.11/NS/NS/

NS




E. Li &

Y.H. Su

Hox7 MASO




-2.61/NS/

-2.19




E. Li

gsc

Dri MASO




NS/NS/-2.9*,

-6.1/-2.5/-3.3

NS/-3.3/-2.8*,

-4.1/-2.9/-3.1

-3.0/-4.0/-2.5/

-3.0/-4.0/-3.0/

-3.0/-3.2/-3.0/

-3.8/-3.6

-3.0/-2.5

G. Amore &

Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

NS/NS/-2.2/

-3.2/NS*/-2.16/

NS/-3.18/NS

NS

-3.2/-3.5/-3.1/

-2.0


G. Amore,

Y.H. Su &

E. Li

Dri-En





NS

-3.5/-3.8/-1.8/

-2.0


G. Amore

Hnf6 MASO2



-6.1/-4.9/-6.0

-3.8*,-5.5/

-3.6/-3.2/-4.23

NS/-4.4/-2.4*,

-3.1/-3.2


+1.9

G. Amore,

O. Otim,

Y.H. Su &

E. Li

Nodal MASO

-2.3

-5.9

-6.5/-6.1/-7.2/

-7.2

-5.6/-5.5/-3.0/

-5.5/-5.5

-6.1



J. Nam &

Y.H. Su

Lim1 MASO



NS/NS/NS/

NS*

NS*/-2.5/-2.4/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Bra MASO




NS/-2.0*/NS*

NS/NS*/-1.7*



Y.H. Su

Dlx MASO



NS*/NS/NS*

-1.9/NS*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



-2.9/NS*/NS*

-2.4*/-5.0/

-2.6*/-3.39/-3.67/

-4.03/-3.2/-5.68




Y.H. Su &

E. Li

Chordin MASO



NS/NS/NS*

-2.5/-1.9*/NS/

-1.72




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/-2.0/NS*

-2.1*/-5.5/

-3.0*




Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




-1.8*/NS*/

-1.9

NS*/-1.9*/

-2.7



Y.H. Su

SoxC MASO



NS*/-1.9/NS

NS/NS/-1.6*/

NS

NS



Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



-2.2/NS*/NS*

-2.9/-2.4*/

-2.7*/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Otxb MASO




-2.0*/NS*/NS/

NS

NS/NS*/NS*



Y.H. Su &

E. Li

FoxJ1 MASO



NS/NS*/NS

-2.3/NS*/NS




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-2.4*,

-3.1/-2.43/-2.48/

-1.7

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

FoxG MASO



NS*/-3.1/NS

-4.4/NS*/-3.8/

-5.59/-1.77




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



NS*/NS*/NS

-1.8*/-4.7/

-2.3*/-2.14/-1.91/

NS/-2.36/-2.64




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-3.1




Y.H. Su

Lefty MASO



NS*/+1.8/+1.7

NS/NS/NS*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-3.53




E. Li

Hox7 MASO




-1.97/-1.63/

-2.23




E. Li

hes

Lim1 MASO



NS/-2.1/-1.8/

NS*

NS*/NS/NS/

NS




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



-2.2/-1.6*/

NS*

NS*/-2.2/NS*




Y.H. Su

FoxK MASO



-1.9*/NS/

-2.1*

NS*/-2.5/

-2.6*




Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




NS*/NS*/NS

NS*/-1.7*/

-2.0



Y.H. Su

Sip1 MASO



NS/NS*/-2.1*

NS/-1.8*/NS*




Y.H. Su

Otxb MASO




-2.3*/NS*/

-1.6

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-1.8*,

NS

NS*,NS/NS



Y.H. Su

Dri MASO




-2.8*,-3.2/NS/

-1.8

-1.8*,-1.7/

-1.7/-2.0



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

-1.7/-1.7/NS*/

-1.73/-1.8/

-1.73/NS




Y.H. Su &

E. Li

hesc

IrxA MASO



-4.6*/NS*/NS

NS*/NS/NS*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



+2.3/+3.0*/+2.4*

+3.1*/+2.8*/NS




Y.H. Su

hlf

Dlx MASO



NS*/NS/NS*

NS/-1.6*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-2.3/

-2.0*




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-1.6/

-1.7*




Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




NS*/NS*/NS

NS*/NS*/-1.9



Y.H. Su

Otxb MASO




-1.6*/NS*/NS

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

Hnf6 MASO




-2.3*,-1.9/NS/

NS

NS/NS*,NS/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

NS/-2.0/NS*/

NS/NS/-1.98/

NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



NS*/NS*/NS

NS*/NS/-1.6*




Y.H. Su

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-1.8




Y.H. Su

Hox7 MASO




-2.2/NS/NS




E. Li

hmg2

Hox7 MASO




-1.78/NS/NS




E. Li

IrxA MASO




-2.25/NS/NS/

NS




E. Li

Tbx2/3 MASO




-2.41/NS/NS/

NS/NS




E. Li

hmx

Krox-En



-6.8/-7.5

-7.2/-7.7




C. Livi

Cad MOE



-2.8

-3.3




A. Ransick &

T. Minokawa

Otx-En



-3.0/-3.8/-6.7/

-7.7

-3.6/-3.2/-9.7/

+6.3/-7.4




A. Ransick &

T. Minokawa

GataE MASO



-2.8/-2.8/-3.6/

-3.6

-2.6/-4.0/-3.9/

-3.1




P.Y. Lee

Dri MASO



-2.0/-2.4

-2.3*,-4.1/NS/

NS

-1.7*,-2.4/

-2.0/NS



A. Amore &

Y.H. Su

Hnf6 MASO2



-2.4/-2.8/-3.6/

-2.2/-2.3

-2.0*,-2.6/NS/

NS/-1.79

NS/NS*,NS/

NS



G. Amore,

O. Otim,

Y.H. Su &

E. Li

Dlx MASO



NS*/-2.5/NS*

NS/NS*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



-1.7/NS*/NS*

NS*/-2.6/

-1.8*/-3.02/NS/

-3.06/NS/-5.15




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-3.4/

-1.8*




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-1.6*,

-2.0/-1.91/NS/NS

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

Hmx MASO



+1.7*/NS/+1.7*

+2.0*/NS/NS*/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

FoxG MASO



NS*/NS/NS

-1.6/NS*/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



NS/NS*/-2.0

NS/-2.2/NS*/

NS/NS/-2.22/

-2.17




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+2.3*/NS*/-2.2

NS*/-2.4/NS*/

-1.88/NS/NS/

NS/-1.78




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



NS/-1.9*/

-2.2*

-2.1*/-2.2*/

-2.6




Y.H. Su

Lefty MASO



-2.2*/-4.7/

-3.6

-2.5/-2.8/

-2.4*/NS




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-2.34




E. Li

Hox7 MASO




-1.92/NS/

-1.92




E. Li

hnf 6

Hnf6 MASO2




NS*,NS/NS/

NS

NS/NS/NS/

NS/NS/NS/NS*,

NS/NS


-4.2/-3.9/-3.1/

-3.7/-2.0

G. Amore,

O. Otim &

Y.H. Su

Dri MASO




NS*,-2.2/NS/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

NS/-1.8/NS*/

NS/NS/-1.78/

NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+1.8*/NS*/NS

NS*/NS/NS*/

-1.67




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-1.7




Y.H. Su

FoxG MASO



NS/NS/NS

-3.78/NS/NS/

NS




E. Li &

Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS/NS

-4.37/NS/NS/

NS




E. Li &

Y.H. Su

hox7

IrxA MASO




-3.9/NS/NS/

NS/-2.43




E. Li

Tbx2/3 MASO




-2.1/-2.0/-3.3/

-1.93/-5.25




E. Li

BMP2/4 MASO




-6.63/-5.87




E. Li

FoxG MASO




-7.88/-3.26




E. Li

Gsc MASO




-2.87/-2.82




E. Li

Hlf MASO




-5.13




E. Li

Hnf6 MASO




-6.5




E. Li

Hox7 MASO




-2.81/-1.61/

-2.1




E. Li

NK1 MASO




-7.71/-4.94/

-5.92




E. Li

irxA

Nodal MASO

NS

NS

-2.4/-2.5/-1.9/

-1.9

---/NS/NS/

-1.9

NS



J. Nam &

Y.H. Su

Nodal MOE

NS

-2.2

-4.2

-2.1

NS



J. Nam

Lim1 MASO



-2.5/-3.3/-3.3/

NS*

NS*/NS/-2.2/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Bra MASO




-1.8/-2.5*/

-2.2*

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

Dlx MASO



NS*/-3.6/NS*

-1.9/-1.8*/

-1.8*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/-1.9*

-2.8*/-5.5/

-4.8*/-3.76/-2.33/

-3.54/-2.08/-5.85




Y.H. Su &

E. Li

NK2.2 MASO



-2.5/NS*/NS*

NS*/NS*/NS




Y.H. Su

Chordin MASO



NS/-1.9/NS*

NS/NS*/NS/

NS




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/-2.3/

-1.6*

-1.6*/-2.6/

-2.3*




Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




-1.6*/NS*/

-1.6

NS*/-1.7*/

-2.0



Y.H. Su

SoxC MASO



NS*/-1.8/NS

NS/NS/-1.7*/

NS

NS



Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



-2.9/NS*/

-1.8*

-2.2/-1.8*/

-2.7*/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Otxb MASO




-2.2*/NS*/NS/

NS

NS/NS*/NS*



Y.H. Su &

E. Li

FoxJ1 MASO



NS/NS*/NS

-2.5/NS*/NS




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-3.4*,

-3.4/-3.19/-2.54/

-2.59

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

Dri MASO




-3.6*,-3.6/NS/

-2.0

-2.2*,-2.0/

-2.0/NS



Y.H. Su

FoxG MASO



-1.6*/-3.4/NS

-2.8/NS*/-3.3/

-4.06/NS




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




-3.7*,-3.8/

-3.6/-3.0/-2.74

-1.8/-2.2*,

-2.0/-2.9



Y.H. Su &

E. Li

BMP2/4 MASO



NS/NS/NS*

NS*/NS/-1.8/

NS/-1.77




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



-2.5/NS*/-3.6

-1.9/-3.6/NS*/

-1.88/-1.75/

-3.59/-3.68




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+1.7*/-1.7*/NS

NS*/-3.6/

-3.0*/-3.43/NS/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



-2.8/-2.3*/

-3.0*

-2.7*/-2.6*/

-4.1




Y.H. Su

Lefty MASO



-2.1*/-3.6/

-2.5

-3.6/-5.0/

-3.9*/-1.74




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-3.04




E. Li

Hox7 MASO




-3.55/-1.69/

-2.8




E. Li

krl

Dri MASO





+3.7/+3.1

+3.6/+3.5


G. Amore

lefty

Nodal MASO



-6.1/-5.5/-8.3

-3.4/-3.3/-6.1/

-4.7




J. Nam &

Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-3.3/NS*




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-2.9/NS*




Y.H. Su

SoxC MASO



NS*/NS/NS

-1.7/NS/NS*/

NS

NS



Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



NS/NS*/NS*

NS/NS*/-1.6*/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Dri MASO




-2.1*,-2.3/NS/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/NS/NS

-2.0/NS*/NS/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




-3.9*,-5.0/

-2.5/-2.4/-3.67

-1.8/-1.9*,

-2.0/NS



Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-2.3*/NS*/+1.8

NS*/-3.3/NS*




Y.H. Su

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-2.8




Y.H. Su

Lefty MASO



+4.3*/+3.5/+2.8

+3.3/+3.4/+2.8*/

+3.81




Y.H. Su &

E. Li

Hox7 MASO




-2.88/NS




E. Li

NK1 MASO




NS/NS/NS/

NS,NS/-1.65

NS,NS/NS



E. Li &

Y.H. Su

lhx2.9

Nodal MASO

NS

NS

NS/NS/NS/

-3.6

NS/NS/NS/

NS/-3.6

-2.3



J. Nam &

Y.H. Su

Lim1 MASO



NS/NS/-2.6/

NS*

NS*/NS/-2.2/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Bra MASO




-1.8/-1.9*/

-1.6*

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

Dlx MASO



NS*/-2.5/NS*

NS/NS*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

-2.1*/-6.1/

NS*/-3.34/-3.81/

-4.32/-4.52/-4.38




Y.H. Su &

E. Li

Chordin MASO



NS/NS/-3.1*

NS/NS*/-2.0/

NS




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/-4.7/NS*

-1.7*/-5.5/

-2.0*




Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




NS*/NS*/NS

-1.7*/NS*/

-2.4



Y.H. Su

Sip1 MASO



-3.8/NS*/NS*

-2.5/NS*/NS*




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-2.2*,

-4.4/-5.13/-3.99

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

Dri MASO




NS*,-7.2/-3.6/

-3.4

NS*,-3.8/-3.9/

-3.1



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/-3.6/NS

-4.1/NS*/-4.7/

-2.26




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




-1.6*,-4.4/

-3.6/-2.4/-3.92

-2.0/NS*,NS/

-2.7



Y.H. Su &

E. Li

BMP2/4 MASO



NS/NS/-4.1*

-1.9*/NS/-2.6/

NS/-2.26




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



NS/NS*/NS

-3.2/-3.1/NS*/

-3.18/-3.08/

-3.06/-3.35




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+2.0*/NS*/NS

NS*/-3.4/NS*/

-3.23/-1.87/

NS/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-2.9




Y.H. Su

Lefty MASO



-1.9*/NS/NS

NS/-2.2/-1.9*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-5.41




E. Li

Hox7 MASO




-2.36/-4.06/

-3.54




E. Li

lim1

Nodal MASO

-1.7

-1.6

-4.7/NS/NS

-1.7/-1.9/NS/

NS/NS

-2.0



J. Nam &

Y.H. Su

Nodal MOE

-8.7

-4.2

-5.7

NS

-15.7



J. Nam

Lim1 MASO



NS/NS/-2.0/

NS*

NS*/NS/-2.0/

-1.7




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-1.7/NS*




Y.H. Su

Dri MASO




NS*,-2.3/NS/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

NS/-2.0/NS*/

NS/NS/-1.98/

NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+1.6*/NS*/NS

NS*/NS/NS*/

-1.85




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



-1.8/NS*/NS*

NS*/NS*/-1.7




Y.H. Su

Hox7 MASO




-1.92/NS/NS




E. Li

Tbx2/3 MASO



NS/NS/NS

-3.9/NS/NS/

NS




E. Li &

Y.H. Su

mitf

Bra MASO




-3.0/-3.3*/

-2.3*

-1.8/-2.1*/

NS*



Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-3.1/

-2.3*/-2.57




Y.H. Su &

E. Li

FoxA MASO




NS/-1.9*/NS*

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-2.0/NS*




Y.H. Su

Sip1 MASO



NS/NS*/NS*

-2.2/-1.9*/

-2.3*/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Otxb MASO




-3.0*/NS*/

-3.0

NS/NS*/NS*



Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/NS*,

-1.6

NS*,NS/NS



Y.H. Su

Dri MASO




NS*,-3.1/-1.8/

-3.4

NS*,-3.0/-2.9/

-2.7



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/NS/NS

-2.1/NS*/-2.1/

-2.1




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




NS*,-1.9/-2.5/

NS

NS/NS*,NS/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

-2.1/-2.0/

-1.6*/-2.1/-1.86/

-2.04/-1.7




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+2.9*/NS*/NS

NS*/-1.8/

-1.9*/-2.02




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



NS/+1.9*/NS*

NS*/NS*/NS




Y.H. Su

Lefty MASO



NS*/NS/NS

NS/-2.0/NS*




Y.H. Su

msx

IrxA MASO




-3.0/-1.6/-1.6/

NS/-2.52




E. Li

Tbx2/3 MASO




-6.4/-2.8/-4.1/

-2.73/-8.96




E. Li

BMP2/4 MASO




-4.2/-4.63




E. Li

FoxG MASO




-5.55/-2.46




E. Li

Gsc MASO




NS/-3.33




E. Li

Hlf MASO




-1.96




E. Li

Hnf6 MASO




-6.88




E. Li

Hox7 MASO




-3.9/NS/-1.68




E. Li

Lefty MASO




+2.13




E. Li

NK1 MASO




-6.1/-4.44/

-3.64




E. Li

myb

Tbx2/3 MASO




NS/NS/-1.78/

NS/-2.18




E. Li

myc

Hlf MASO




-1.69




E. Li

Tbx2/3 MASO




NS/-2.35/NS/

-3.21




E. Li

nfe2

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-1.6/

-2.0*




Y.H. Su

Dri MASO




NS*,NS/+2.0/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

nk1

Dri MASO




NS/NS/NS/

NS*,-4.7/-2.8/

-2.3

-2.2/NS*,-3.4/

-2.5/-3.6

-2.2/-2.3/-2.2/

-3.3/-3.5/-4.2/

-5.0/-7.0/-3.3/

-2.1/-2.9

-2.8/-2.4

G. Amore &

Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/-2.8

NS/NS/NS/

-3.9/-6.1/NS*/

-3.94/-4.3/-6.09/

-4.59

-2.6

-2.6/-3.2/-4.0/

-5.0/-6.0/-6.0


G. Amore,

Y.H. Su &

E. Li

Dri-En





-2.0

-5.7/-5.1/-4.6/

-2.5


G. Amore

Hnf6 MASO2




-2.0*,-4.1/

-1.9/-1.8/-1.66

-2.4/-3.5/NS/

NS/-2.6/-3.2/

-2.5/-2.6/NS*,

-2.8/-3.1


-3.3/-3.5/NS/

-2.3/NS

G. Amore,

O. Otim,

Y.H. Su &

E. Li

Nodal MASO

NS

NS

-1.9/-1.9/-1.9/

-2.5

-2.6/-2.5/-1.6/

-1.9/-1.9

-1.6



J. Nam &

Y.H. Su

Nodal MOE

NS

+2.2

NS

-3.4

-2.7



J. Nam

Lim1 MASO



-2.5/NS/-8.9/

NS*

NS*/-3.6/-5.0/

-3.3/-2.49




Y.H. Su &

E. Li

Bra MASO




-2.5/-2.2*/

NS*

-2.2/-1.7*/

NS*



Y.H. Su

Dlx MASO



NS*/-1.9/NS*

-1.9/NS*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

-2.7*/-5.5/

-2.3*/-4.72/-3.77/

-6.48




Y.H. Su &

E. Li

NK2.2 MASO



-2.5/NS*/NS*

NS*/NS*/NS




Y.H. Su

Chordin MASO



NS/NS/-2.3*

-1.9/NS*/NS/

NS




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/-2.1/NS*

NS*/-3.4/

-2.6*




Y.H. Su

Lhx2.9 MASO




-1.9*/NS*/

-2.4

NS*/-2.1*/

-2.2



Y.H. Su

SoxC MASO



NS*/NS/NS

-1.9/NS/-2.0*/

-1.87

NS



Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



-4.1/NS*/NS*

-3.3/-2.3*/

-2.7*




Y.H. Su

Otxb MASO




-1.8*/NS*/

-2.8/NS

NS/NS*/NS*



Y.H. Su &

E. Li

FoxJ1 MASO



NS/+1.9*/NS

-3.0/-1.9*/

-3.3




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-1.7*,

-2.2/-2.06/NS

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

FoxG MASO



NS*/-2.0/NS

-3.2/NS*/-3.1/

-1.87/-2.57




Y.H. Su &

E. Li

BMP2/4 MASO



+1.9/NS/-3.6*

NS*/+1.8/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



+8.4*/-1.7*/+1.8

-1.8*/-3.4/

-1.6*/-2.61/-2.2/

-3.22




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-3.1




Y.H. Su

Lefty MASO



-1.6*/NS/NS

-2.5/-2.0/NS*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Hlf MASO




-5.11




E. Li

Hox7 MASO




-2.47/-2.68/

-3.44




E. Li

nk2.2

Nodal MASO

NS

-2.2

-3.8/-3.6/-5.0/

-3.6

NS/NS/NS/

NS/-3.6

-1.6



J. Nam &

Y.H. Su

Nodal MOE

+4.4

+1.9

NS

NS

NS



J. Nam

Tbx2/3 MASO



-2.7/-1.7*/

-1.6*

-1.6*/-5.0/

-3.1*/-3.97/NS/

-2.72/NS/-4.79




Y.H. Su &

E. Li

NK2.2 MASO



NS/NS*/NS*

+1.7*/+2.2*/+1.8




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/-1.8/NS*

NS*/-3.3/

-2.2*




Y.H. Su

SoxC MASO



-1.7*/-1.9/NS

NS/NS/NS*/

NS

NS



Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



-3.1/-2.2*/

-2.1*

-1.6/NS*/

-2.5*




Y.H. Su

FoxJ1 MASO



NS/NS*/NS

-1.6/NS*/NS




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-2.8*,

-2.8/-3.07/-2.78/

-1.97

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

Dri MASO




-4.6*,-4.7/

-2.5/-2.0

-2.9*,-3.3/

-1.9/-1.6



Y.H. Su

FoxG MASO



-2.0*/-2.4/NS

-4.7/NS*/-3.4/

-3.71/NS




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




-4.2*,-4.1/

-2.5/-3.2/-2.76

-1.9/-1.6*,NS/

NS



Y.H. Su &

E. Li

BMP2/4 MASO



NS/NS/NS*

NS*/NS/-2.0/

NS/-1.72




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



NS/NS*/NS

-1.7/-2.0/NS*/

-1.68/NS/

-1.98/-2.68




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-4.0*/NS*/

-2.2

NS*/-4.4/

-3.0*/-2.31/NS/NS/

NS/-1.63




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



-4.1/-1.6*/

-2.3*

-2.1*/-2.2*/

-3.4




Y.H. Su

Lefty MASO



+2.1*/+3.2/+2.0

NS/NS/NS*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Hox7 MASO




-2.36/NS/NS




E. Li

nkx2.1

Dri MASO




NS/NS/NS

NS/NS

-4.2/-4.0/-3.3/

-3.0/-3.8/-2.3

-2.3/-3.7

G. Amore

Dri-En





NS

-3.3/-2.8/-2.3/

NS


G. Amore

Hnf6 MASO2






-2.4/NS/NS/

NS/NS/NS/-2.0

NS/-2.3/-2.0/

NS

G. Amore &

O. Otim

nodal

Nodal MASO

-3.6

-4.1

-2.5/-2.5/-3.6/

-3.6

-1.8/-1.9/-3.3/

-5.0/-2.5

NS



J. Nam &

Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-3.2/NS*/

-1.62/-2.17




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-1.8/NS*




Y.H. Su

Dri MASO




NS*,-1.7/NS/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

Hnf6 MASO




-3.0*,-3.8/NS/

NS/-2.13

NS/NS*,NS/

NS



Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-1.9*/NS*/NS

NS*/-2.8/NS*/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



-1.7/NS*/NS*

NS*/NS*/-2.9




Y.H. Su

Lefty MASO



+2.3*/+2.4/NS

NS/+1.7/NS*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Hox7 MASO




-2.54/NS/NS




E. Li

otp

Dri MASO





NS/NS

-4.0/-3.8/-4.0/

-3.5


G. Amore

Dri-En






-1.9


G. Amore

Hnf6 MASO2






-6.9/-2.1/-4.3/

-3.0/NS/-2.3/

-1.8

-6.5/-5.1/-4.5/

NS

G. Amore &

O. Otim

otxb1

Gsc MASO




-1.9/-1.79




E. Li

Hox7 MASO




-1.92/-1.69




E. Li

otxb1/2

Nodal MASO

NS

-1.8

-1.6/-1.9/NS/

NS

NS/NS/NS/

NS/NS

NS



J. Nam &

Y.H. Su

Nodal MOE

-3.2

NS

NS

NS

NS



J. Nam

Dlx MASO



NS*/NS/NS*

-1.9/-1.6*/

NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/-1.6*

-1.7*/-3.0/

NS*




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-1.9/

-1.6*




Y.H. Su

Sip1 MASO



NS/NS*/NS*

NS/NS*/-1.7*




Y.H. Su

Dri MASO




NS*,NS/NS/

NS

NS*,NS/-1.8/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

-1.7/-1.7/NS*




Y.H. Su

IrxA MASO



NS*/NS*/-1.9

-1.7*/-2.7/

-1.7*




Y.H. Su

HesC MASO



-1.7/NS*/NS*

NS*/NS*/-2.5




Y.H. Su

otxb2

Gsc MASO




-1.73/-1.61/

-1.73/-2.12




E. Li

Hox7 MASO




-2.71/-2.27/

-1.87




E. Li

otxb3

Gsc MASO




NS/-2.39




E. Li

pax2/5/8

Hlf MASO




-3.64




E. Li

Hox7 MASO




NS/NS/-1.9




E. Li

Tbx2/3 MASO




NS/NS/-1.77/

NS/-3.68




E. Li

pea3

FoxG MASO




-2.47/NS




E. Li

Gsc MASO




NS/-1.87




E. Li

Hlf MASO




-2.44




E. Li

Hox7 MASO




-2.05/NS/NS




E. Li

IrxA MASO




-1.73/NS/NS/

NS




E. Li

Tbx2/3 MASO




-1.78/NS/NS/

NS/-2.18




E. Li

runt

Gsc MASO




NS/-2.03




E. Li

Hlf MASO




-2.2




E. Li

Hox7 MASO




-1.96/NS/NS




E. Li

Tbx2/3 MASO




-2.1/NS/-2.89/

NS/-3.76




E. Li

sip1

Dlx MASO



NS*/NS/+1.6*

NS/NS*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



+4.3/+4.4*/+2.5*

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/-2.0/NS*




Y.H. Su

Sip1 MASO



NS/NS*/+1.7*

NS/NS*/NS*




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-1.8*,

NS

NS*,NS/NS



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/+1.8/+1.8

NS/NS*/NS




Y.H. Su

Hnf6 MASO




-1.6*,NS/NS/

NS

NS/NS*,NS/

NS



Y.H. Su

BMP2/4 MASO



NS/NS/-1.8*

NS*/NS/NS




Y.H. Su

Gsc MASO



+4.7/NS*/+3.1

NS/+2.1/NS*/

NS/NS/+2.14/+1.61




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



NS*/NS*/+3.5

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

six3

FoxG MASO




-1.81/NS




E. Li

Gsc MASO




-1.72/NS




E. Li

Hlf MASO




-3.01




E. Li

Hox7 MASO




-2.27/NS/

-2.07




E. Li

IrxA MASO




NS/NS/NS/

-2.01




E. Li

NK1 MASO




NS/NS/-2.09




E. Li

Tbx2/3 MASO




-1.91/NS/

-3.48/NS/-4.47




E. Li

soxb1

Tbx2/3 MASO



+1.6/NS*/NS*

NS*/NS/NS*




Y.H. Su

FoxK MASO



NS*/NS/NS*

NS*/NS/-1.9*




Y.H. Su

Dri MASO




NS*,-1.8/NS/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-1.8




Y.H. Su

Hox7 MASO




-1.77/NS/

-1.76




E. Li

soxc

SoxC MASO



+1.9*/NS/+1.7

NS/NS/NS*

NS



Y.H. Su

Dri MASO




-1.6*,-1.8/NS/

NS

-1.8*,-1.7/NS/

NS



Y.H. Su

FoxG MASO



NS*/NS/NS

-1.6/NS*/NS/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



NS/NS*/NS

NS/-1.7/NS*/

NS/NS/-1.68/

NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-3.0*/NS*/NS

NS*/NS/NS*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

spec1

Dri MASO




NS/NS/NS/

NS

NS/NS/NS

NS/NS/NS/

NS

NS/+2.2

G. Amore

Hnf6 MASO2






-1.9/NS/NS

-3.1/NS/NS

G. Amore &

O. Otim

Nodal MOE

-3.4

-4.9

-3.7

-1.8

-2.0



J. Nam

tbx2/3

Nodal MOE

NS

NS

NS

-2.3

NS



J. Nam

Lim1 MASO



NS/-2.0/NS/

NS*

NS*/NS/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Dlx MASO



NS*/-2.5/NS*

NS/NS*/NS*




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



-3.2/NS*/

-2.1*

NS*/-2.8/NS*/

-3.19/NS/

-2.35/NS/-4.82




Y.H. Su &

E. Li

Chordin MASO



NS/-1.8/-2.6*

NS/NS*/NS/

NS




Y.H. Su &

E. Li

FoxK MASO



NS*/-2.2/NS*

NS*/-2.2/NS*




Y.H. Su

SoxC MASO



-2.9*/-3.2/NS

NS/NS/NS*/

NS

NS



Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



-2.9/-2.4*/

-3.3*

NS/NS*/-1.8*




Y.H. Su

FoxJ1 MASO



-1.8/NS*/NS

NS/NS*/NS




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/-2.4*,

-2.4/-2.94/-1.92/

NS

NS*,NS/NS



Y.H. Su &

E. Li

Nodal MASO

NS

NS

NS/NS,NS/

-3.6/-2.4/-1.9

NS/NS/NS/

NS

NS



Y.H. Su &

J. Nam

Dri MASO




-2.2*,-3.0/NS/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

FoxG MASO



-2.6*/-3.8/NS

NS/+1.6*/-1.7/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Hnf6 MASO




-3.0*,-3.2/NS/

-2.1/NS

NS/NS*,NS/

NS



Y.H. Su &

E. Li

BMP2/4 MASO



NS/NS/-2.9*

NS*/NS/NS/

NS/-1.73




Y.H. Su &

E. Li

Gsc MASO



-3.0/NS*/-3.0

NS/NS/NS*/

NS/NS/NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



-1.6*/-2.6*/

-3.1

NS*/-2.4/

-1.7*/NS/NS/NS/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



-4.1/NS*/NS*

NS*/NS*/NS




Y.H. Su

Lefty MASO



-3.1*/-2.7/NS

-1.9/NS/NS*/

NS




Y.H. Su &

E. Li

Hox7 MASO




-1.94/NS/NS




E. Li

tead4

HesC MASO



NS/NS*/NS*

NS*/NS*/-1.7




Y.H. Su

Gsc MASO




NS/-1.71/NS/

-1.64




E. Li

vegf3

Lim1 MASO



NS/NS/NS/

NS*

NS*/NS/-1.6/

NS




Y.H. Su

Tbx2/3 MASO



NS/NS*/NS*

NS*/-2.6/NS*/

NS/NS




Y.H. Su &

E. Li

Sip1 MASO



NS/NS*/NS*

NS/NS*/-2.1*




Y.H. Su

NK1 MASO




NS/NS/NS*,

-1.7

NS*,NS/NS



Y.H. Su

Nodal MASO



NS/-1.9

NS/NS/NS




Y.H. Su

Dri MASO




NS*,-2.2/NS/

NS

NS*,NS/NS/

NS



Y.H. Su

Hnf6 MASO




NS*,-1.6/NS/

NS

NS/NS*,NS/

NS



Y.H. Su

Gsc MASO



NS/NS*/NS

NS/-2.8/NS*/

NS/NS/-2.76/

-2.05




Y.H. Su &

E. Li

IrxA MASO



NS*/NS*/NS

NS*/-2.1/NS*/

-1.72/NS




Y.H. Su &

E. Li

HesC MASO



-3.6/NS*/NS*

NS*/NS*/-4.1




Y.H. Su

FoxG MASO



NS/NS/NS

-3.37/NS/NS/

NS




E. Li &

Y.H. Su

z173

Tbx2/3 MASO




-1.75/NS/NS/

NS/NS




E. Li

z188

Hlf MASO




-1.85




E. Li

IrxA MASO




-1.84/NS/NS/

NS




E. Li

NK1 MASO




-2.33/NS/NS




E. Li

Tbx2/3 MASO




-2.55/NS/NS/

NS/-1.83




E. Li

z199

Gsc MASO




NS/-1.77




E. Li

Hlf MASO




-1.63




E. Li

IrxA MASO




-2.52/NS/NS/

NS




E. Li

Tbx2/3 MASO




-2.47/NS/NS/

NS/-1.67




E. Li

z487

FoxG MASO




+2.0/NS




E. Li

Tbx2/3 MASO




NS/NS/-1.64/

NS/-1.75




E. Li

z55

FoxG MASO




-2.15/-1.96




E. Li

Gsc MASO




-2.32/-1.79




E. Li

Hlf MASO




-3.39




E. Li

Hnf6 MASO




-1.7




E. Li

Hox7 MASO




-2.49/-2.03/

-1.68




E. Li

IrxA MASO




-2.52/NS/NS/

NS




E. Li

NK1 MASO




-3.17/NS/

-1.87




E. Li

Tbx2/3 MASO




-2.46/NS/

-2.26/-1.66/-2.83




E. Li

z60

Tbx2/3 MASO




NS/-1.73/NS/

-2.76




E. Li

z85

Hnf6 MASO




-1.65




E. Li

Hox7 MASO




-2.05/NS/NS




E. Li

IrxA MASO




-1.62/NS/NS/

NS




E. Li

NK1 MASO




-1.79/NS/NS




E. Li

Tbx2/3 MASO




-1.7/NS/-2.13/

NS/-2.93




E. Li

z86

FoxG MASO




-1.78/NS




E. Li

Gsc MASO




NS/-1.83




E. Li

Hlf MASO




-3.17




E. Li

Hnf6 MASO




-2.33




E. Li

Hox7 MASO




-2.81/-2.13/

-1.81




E. Li

IrxA MASO




-2.42/-1.85/

NS/-1.63




E. Li

Tbx2/3 MASO




-3.09/-2.43/

-3.28/-2.73/-3.94




E. Li

Note: Smaller effects are shown as "NS", except where individual NS data are included together with other significant measurements to display scatter or inconsistencies amongst different batches of cDNA. Commas separate replicate measurements in the same cDNA batch; slashes indicate different batches of cDNA from independent experiments, dashes indicate a missing data point

Perturbation:

Genes not affected or shown to be affected only indirectly (8 to 30h, unless otherwise noted)

BMP2/4 MASO7

[atbf1, bra, chordin, dri, e2f3, foxa, foxj1, foxk, gsc, hes, hesc, hlf, hmx, hnf6, lefty, lim1, mitf, nfe2, nodal, otxb1/2, shr2, soxb1, soxc, tead4, vegf3 (18-24 h)], [arnt, ets4, hmg2, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z55, z60, z85, z86, z92 (24 h)]

Bra MASO4

[bmp2/4, bra, chordin, foxa, foxj1, foxk, fxr/ecr, hes, hesc, hlf, hmx, hnf6, lefty, lim1, nfe2, nk2.2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tbx2/3, tead4, vegf3 (24-30 h)]

Chordin MASO7

[atbf1, bmp2/4, chordin, dri, e2f3, foxa, foxj1, foxk, hes, hesc, hlf, hmx, hnf6, lefty, lim1, mitf, nfe2, nk2.2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tead4, vegf3 (18-24 h)], [arnt, ets4, hmg2, hox7, msx, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z55, z60, z85, z86, z92 (24 h)]

Dlx MASO7

[atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dri, e2f3, foxj1, foxk, fxr/ecr, hes, hesc, hnf6, lefty, lim1, mitf, nfe2, nk2.2, nodal, shr2, soxb1, soxc, tead4, vegf3 (18-24 h)], [hox7, msx (24 h)]

Dri MASO5

bra (24-32 h), gcm (28-48 h), [bmp2/4, foxk, fxr/ecr, hesc, hlf, shr2, sip1, tead4 (24-30 h)], [decorin, fvmo, pks (30-48 h)], [e(s), elk, eve, foxb, gatac, gatae, hox11/13b, lim1, not, notch, nrl, otx, su(h), wnt8 (28-32 h)]

Ecr MASO7

[atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dlx, dri, e2f3, foxa, foxg, foxj1, foxk, fxr/ecr, gsc, hes, hesc, hlf, hmx, hnf6, irxa, lefty, lhx2.9, lim1, mitf, nfe2, nk1, nk2.2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tbx2/3, tead4, vegf3 (18-24 h)], [arnt, ets4, hmg2, hox7, msx, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z55, z60, z85, z86, z92 (24 h)]

FoxA MASO4

[atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dlx, e2f3, foxa, foxg, foxj1, foxk, fxr/ecr, gsc, hes, hesc, hlf, hmx, hnf6, irxa, lefty, lhx2.9, lim1, nfe2, nk1, nk2.2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tbx2/3, tead4, vegf3 (24-30 h)]

FoxG MASO7

[bmp2/4, bra, foxj1, foxk, hes, hesc, hlf, lim1, nfe2, nodal, otxb1/2, shr2, soxb1, tead4 (18-24 h)], [arnt, hmg2, myb, myc, pax2/5/8, runt, sip1, z173, z188, z199, z60, z85, z92 (24 h)]

FoxJ1 MASO4

[atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dri, e2f3, foxa, foxk, fxr/ecr, hes, hesc, hlf, hmx, hnf6, lefty, lhx2.9, lim1, mitf, nfe2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tead4, vegf3 (18-24 h)]

FoxK MASO4

[bra, dri, e2f3, foxj1, foxk, hesc, hnf6, nfe2, shr2, soxc, tead4, vegf3 (18-24 h)]

Gsc MASO7

[chordin, foxk, hesc, lefty, nfe2, nodal, shr2, soxb1, tead4 (18-24 h)], [coup-tf1, hmg2, myb, pax2/5/8, z173, z188, z487, z60, z85, z92 (24 h)]

HesC MASO4

[e2f3, foxk, hes, nfe2, shr2, sip1, soxc (18-24 h)]

Hlf MASO8

[arnt, ets4, hmg2, lefty, myb, nk2.2, nodal, tbx2/3, z173, z487, z60, z85, z92 (24 h)]

Hmx MASO7

[atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dlx, e2f3, foxa, foxg, foxj1, foxk, fxr/ecr, gsc, hes, hesc, hlf, hnf6, irxa, lefty, lhx2.9, lim1, mitf, nfe2, nk1, nk2.2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tbx2/3, tead4, vegf3 (18-24 h)], [arnt, ets4, hmg2, hox7, msx, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z55, z60, z85, z86, z92 (24 h)]

Hnf6 MASO2,9

[foxj1, foxk, hes, hesc, lim1, nfe2, otxb1/2, shr2, soxb1, soxc, tead4 (24-30 h)], [arnt, ets4, hmg2, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z60, z92 (24 h)], [eve, foxb, gatac, gcm, lim1, msp130, otx1/2, sm50, spec1 (30, 48 h)]

Hox7 MASO8

[hes, hesc, hnf6, mitf, myb, myc, nfe2, shr2, sip1, soxc, vegf3, z173, z188, z199, z487, z60, z92 (24 h)]

IrxA MASO7

[dri, hes, nfe2, shr2, soxb1, tead4 (18-24 h)], [arnt, ets4, myb, myc, pax2/5/8, runt, sip1, z173, z487, z60, z92 (24 h)]

Lefty MASO7

[atbf1, bra, dri, e2f3, foxa, foxj1, foxk, hes, hesc, hlf, hnf6, lim1, nfe2, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tead4, vegf3 (18-24 h)], [arnt, ets4, hmg2, hox7, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z55, z60, z85, z86, z92 (24 h)]

Lhx2.9 MASO4

[atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dlx, e2f3, foxj1, foxk, fxr/ecr, hesc, hmx, hnf6, lefty, lim1, mitf, nfe2, nk2.2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tbx2/3, tead4, vegf3 (24-30 h)]

Lim1 MASO7

[atbf1, bra, chordin, dri, e2f3, foxa, foxj1, foxk, fxr/ecr, hesc, hlf, hmx, hnf6, lefty, mitf, nfe2, nk2.2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tead4 (18-24 h)], [arnt, ets4, hmg2, hox7, msx, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z55, z60, z85, z86, z92 (24 h)]

NK1 MASO7

[bmp2/4, bra, dri, foxj1, foxk, fxr/ecr, hesc, hlf, hnf6, lim1, nfe2, nodal, otxb1/2, shr2, soxb1, soxc, tead4 (24-30 h)], [arnt, ets4, foxa, hmg2, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, z173, z199, z487, z60, z86, z92 (24 h)]

NK2.2 MASO7

[atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dlx, dri, e2f3, foxa, foxg, foxj1, foxk, gsc, hes, hesc, hlf, hmx, hnf6, lefty, lhx2.9, lim1, mitf, nfe2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tbx2/3, tead4, vegf3 (18-24 h)], [hox7, msx (24 h)]

Nodal MASO6

atbf1, e2f3, ecr (12-30 h), foxj1, foxk, foxl1, hes, hlf, hnf6, mitf, nfe2, nk2.1, shr2, smad3, smad4, soxC, tead4, zfhox1, [bra, foxa, fxr/ecr, hesc, hmx, sip1, soxb1 (18-24 h)]

Nodal MOE1

atbf1, dri, e2f3, ecr, foxk, foxl1, gsc, hes, hlf, hnf6, lhx2.9, mitf, nfe2, nk2.1, shr2, smad3, smad4, soxC, tead4, zfhox1

Otxb MASO7

[atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dlx, e2f3, foxa, foxj1, foxk, fxr/ecr, hesc, hmx, hnf6, lefty, lhx2.9, lim1, nfe2, nk2.2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, soxc, tbx2/3, tead4, vegf3 (24-30 h)], [arnt, ets4, hmg2, hox7, msx, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z55, z60, z85, z86, z92 (24 h)]

Sip1 MASO7

[bmp2/4, dri, e2f3, foxj1, foxk, fxr/ecr, hesc, hlf, hmx, hnf6, lim1, nfe2, nodal, shr2, soxb1, soxc, tead4 (18-24 h)], [ets4, hmg2, hox7 (24 h)]

SoxC MASO7

foxa (18-24 h), [atbf1, bmp2/4, bra, chordin, dri, e2f3, foxj1, foxk, fxr/ecr, hes, hesc, hlf, hmx, hnf6, lhx2.9, lim1, mitf, nfe2, nodal, otxb1/2, shr2, sip1, soxb1, tead4, vegf3 (18-30 h)], [arnt, ets4, hmg2, hox7, msx, myb, myc, pax2/5/8, pea3, runt, six3, z173, z188, z199, z487, z55, z60, z85, z86, z92 (24 h)]

Tbx2/3 MASO7

[dri, hesc, shr2, soxc, tead4 (18-24 h)], [arnt, sip1, z92 (24 h)]

Footnotes

*Nanostring data: displayed DeltaCt converted from fold change data

1Data of J. Nam

2MASO against both long and short forms of Hnf6 mRNA included in this table

4Data of Y.H. Su

5Data of G. Amore, Y.H. Su

6Data of J. Nam, Y.H. Su

7Data of Y.H. Su, E. Li

8Data of E. Li

9Data from E. Li and other sources